选择合适的精灵对于顺利通关至关重要。初始精灵推荐选择妙蛙种子，其草/毒双属性在前三个道馆具有明显优势，尤其是对抗岩石系的小刚和水系的小霞。妙蛙种子可习得寄生种子、剧毒等控场技能，配合亿万吸取（TM19）和地震（TM26）能形成攻防一体的战术体系。通关后若需替换，可考虑野生原野区捕捉的椰蛋树或华蓝市交换获得的迷唇姐作为替代。
水系精灵方面，杰尼龟凭借高防御和均衡属性成为可靠选择，进化后的水箭龟能学习冲浪、冰冻光束等关键技能。若未选择杰尼龟，可通过钓竿获取鲤鱼王进化为暴鲤龙，或捕捉7号岛底部的红蓝水都。电系精灵首选闪电鸟，位于无人发电厂深处，其高特攻配合十万伏特能有效克制飞行系和水系敌人。替代方案包括皮卡丘或雷丘，但输出能力相对较弱。
火系精灵中喷火龙综合性能最佳，初始选择小火龙可全程培养，后期也可通过火焰山捕捉火焰鸟替代。风速狗是另一优质选择，物攻与速度俱佳。超能系推荐胡地或吸盘魔偶，前者需通过凯西交换获得，后者可通过勇吉拉进化。超梦作为游戏终极神兽，虽捕捉难度极高但实力碾压绝大多数精灵，位于华蓝洞窟最深处。
地面系与格斗系精灵对特定道馆有奇效。三地鼠凭借高速与广打击面成为地面系首选，可通过地鼠山洞大量捕获。格斗系推荐沙瓦朗或艾比郎，在黄金市格斗道馆可获得。冰系精灵铁甲贝高防御特性适合消耗战，而乘龙（拉普拉斯）兼具水系与冰系优势，可通过特定剧情获得。
急冻鸟位于双子岛深处，需推石堵住水流；火焰鸟在灯火山顶；梦幻需要特殊钥匙于红莲岛边房屋获取；洛奇亚在3号岛右侧草丛。这些神兽虽培养周期长，但能显著提升队伍上限。注意通关后需找博士升级图鉴至386版才能解锁全部神兽捕捉权限。
队伍搭配需注意属性互补与技能覆盖。建议组合包含水系、电系、火系、超能系、地面系核心，剩余位置根据道馆挑战进度调整。技能机分配要优先考虑本系加成招式，如精神干扰（TM29）给超能系，地震（TM26）给地面系。战斗探测器可在一号岛灯火山温泉附近反复刷级，确保关键精灵等级始终领先剧情进度。
